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佛與眾生，心體是一。而其所受用，天淵懸殊者，以其用心不同之所致也。佛則唯以無緣大慈，同體大悲，度脫眾生為懷，了無人我彼此之心。縱度盡一切眾生，亦不見能度所度之相。故得福慧具足，為世間尊。眾生則唯以自私自利為事，雖父母兄弟之親，尚不能無彼此之相，況旁人世人乎哉。故其所感業報，或生貧窮下賤，或墮三途惡道。即令戒善禪定自修，得生人天樂處。但以無大悲心，不能直契菩提。以致福報一盡，仍復墮落，可不哀哉。是則唯欲利人者，正成就其自利。而唯欲自利者，乃適所以自害也。藥師如來本願經者，乃我釋迦世尊，愍念此界一切罪苦眾生，為說藥師如來，因中果上利生之事，實為究竟離苦得樂之無上妙法也。眾生果能發慈悲喜捨之大菩提心，受持此經，此咒，及此佛名號。推其功效，尚可以豁破無明，圓成佛道。況其余種種果位，種種福樂乎哉。然在佛心，固欲以無上覺道，全體授與一切眾生。而眾生智有淺深，固不得不隨其所樂，令彼所求各各如願也。須知藥師一經，及與佛號，並其神咒，即釋迦藥師，所得之阿耨多羅三藐三菩提法。凡至誠受持者，即是以佛莊嚴而自莊嚴也。故玉琳琇國師，常持此經，及此佛號，以是禪教律淨之總持法門。故受持者，或生淨琉璃世界，或生極樂世界。待至豁破凡情，圓成聖智，則直契寂光，東西俱泯。而復東西歷然，隨願往生。則與彌陀藥師，同歸秘藏。是名諸佛甚深行處。聖聰大師，以心安和尚所書之本，刻板流通。欲令受持者發起正信，祈簡明以告之。又此經系唐玄奘法師所譯。其八菩薩，但舉其目，未標其名。說咒一段，又復缺略。後之知識，欲令經義完全，故依七佛本願經，添入說咒一段，共四百二十八字。依灌頂第十二經，添入八菩薩名。以三經原是一經故也。須知在昔貝葉，唯屬鈔寫，或有遺亡，以致譯文全缺互異。後人添入，深契佛心。故諸注者，咸皆宗之。恐以藏本對校，致生疑慮。故並書緣起，以慶完璧云。（說咒一段從說咒前復次曼殊室利起至所求願滿乃至菩提止。）
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